Direktoratet fikk i 2008 i oppdrag fra Kunnskapsdepartementet å opprette en skolelederutdanning for nytilsatte rektorer og andre rektorer som mangler slik utdanning. Tilbudet startet opp høsten 2009 og det siste ordinære opptak i denne prøveperioden er høsten 2014.
Rektorutdanningen skal nå videreføres for en ny femårsperiode fra 2015 – 2020. Rektorutdanningen skal i hovedsak med det innhold og den form den har hatt i prøveperioden, men med noen endringer på bakgrunn av erfaringene fra prøveperioden.