Klinisk Mikrobiologisk Afdeling (KMA), Odense Universitetshospital ønsker at anskaffe udstyr til Next Generation DNA Sekventering (NGS) af mikrobielle genomer. Udstyret skal primært benyttes i forskningssammenhæng til de novo og re-sequencing sekventering af DNA fra isolerede bakterier.
Library prep af DNA til fuldgenom sekventering af bakterielt DNA for et bakterie isolat skal foregå automatiseret og i en sammenhængende proces med et minimum af »hands on« tid.
Sekventering skal være fuldt automatiseret uden manuelle arbejdstrin, også ved paired-end sekventering, frem til der foreligger endelige sekventeringsdata.
Systemet skal automatisk kunne foretage paired-end sekventering med korte (2 x 25 – 35 bp) såvel som lange (2 x 250 – 300 bp) reads.
Systemet skal kunne foretage sample multiplexing ved sekventering af bakterielle genomer (samtidig analyse af flere prøver).
Systemet skal kunne levere op til 15Gb data passing filter pr. 2 x 300 bp analyse og kunne præstere mere end 15 000 000 reads per kørsel pr. single-end analyse og mere end 30 000 000 reads ved paired-end analyse.
Systemet skal indeholde et virtuelt lager, hvortil sekvensdata automatisk uploades og data er tilgængelige til yderligere analyser, herunder også til deling med andre forskere. Systemet skal endvidere gemme kopier af data lokalt.
KMA har vurderet, at Illumina Miseq System er det eneste produkt, der imødekommer nævnte krav inden for KMA's økonomiske ramme.