Overvåkingen omfatter overvåking av tilstanden i ferskvannsforekomster i Troms. Oppdraget skal munne ut i en karakterisering og klassifisering av vannforekomster i Troms: Beskrive den økologiske tilstanden og den kjemiske tilstanden. Det skal også gjøres en vurdering av tilstanden i vannforekomster basert på resultater, observasjoner og eksisterende data og kunnskap.