Pyhäjärvi-instituutin toiminta perustuu instituuttisäätiön säädekirjassa perustamisvuonna 1989 kirjattuun päämäärään: Instituutin tehtävänä on edistää ja kehittää elintarviketaloutta ja ympäristöä koskevaa koulutusta, tutkimusta ja muuta kehitystoimintaa. Erityisosaamisalueita ovat elintarviketalous sekä vesistöjen tila, vesiensuojelu ja -kunnostus. Tavoitteena on Satakunnan elintarviketuotannon kilpailukyvyn turvaaminen kestävästi sekä vesien tilan parantaminen, tietouden lisääminen ja soveltaminen vesistöjen kunnostuksessa.